Talim Terbiye kurumunun Orta Öğretimin yeniden yapılandırılmasına ilişkin kararı (184 nolu karar) gereğince;

 2005–2006 yılından itibaren Orta Öğretim kurumlarında öğrenim süresi 4 yıl olarak belirlenmiştir. Bu sistem değişikliğinde, öğrenci alımı, haftalık ders çizelgeleri, sınıf geçme ve nakil ile tabi oldukları diğer mevzuatları benzer olan Anadolu Liseleri ile Yabancı Dil Ağırlıklı Liseler, ANADOLU LİSESİ adı altında birleştirilmiştir. Bu uygulamada, Atatürk Lisesi bünyesinde yer alan Yabancı Dil Ağırlıklı Lise kaldırılarak yerine bağımsız Beşikdüzü Anadolu Lisesi kurulmuştur. 2007-2013  yılları arasında Beşikdüzü Halk Eğitim Merkezi Müdürlüğünün üst katında eğitim ve  öğretimini sürdürdükten sonra 2010/30 nolu genelge gereğince Milli Eğitim Bakanlığı Orta Öğretim Genel Müdürlüğünün 03.06.2013 tarih ve 1213107 sayılı yazılarında 27.05.2013 tarihli ve 1123838 sayılı bakanlık onayı ile Beşikdüzü Atatürk Lisesi kapatılarak binası Anadolu Lisesine tahsis edilmesiyle tekrar Atatürk Lisesi binasına taşınmıştır. Şu anda İMKB Fen Lisesi Ek binasında hizmet vermektedir. 2023-2024 eğitim öğretim yılında 132 erkek 169 kız öğrenci olmak üzere 301 öğrencimiz mevcuttur.